在峡湾国家公园，从山峰至峡湾深处的自然环境都受到了保护。
峡湾有10个海洋保护区，北边有米尔福德峡湾（Milford Sound），南边有普雷瑟韦申湾（Preservation Inlet）。 峡湾的海水蔚蓝清澈，与其它保护区的风景一样独特。由于降雨量充足，雨水从山顶缓缓流入海中，在海面上形成了淡水层，深度从5厘米到10多米不等。
保护区内有各种各样的栖息地和物种。有海绵动物、腕足动物及不同种类的海鱼。这里也有世界上最大的黑珊瑚群，有些珊瑚已存活300多年之久，有不少海星缠绕其树枝间。
峡湾也有许多腕足类动物，它们外形酷似蛤蜊，与3亿年前的样子差不多。 峡湾保护区常见的生物还包括：短吻海豚、新西兰海豹、峡湾企鹅和小蓝企鹅。 浮潜是欣赏峡湾海底奇观的最好方式。一些服务商还提供海底导游，带你体验海底世界探索之旅。米尔福德峡湾位于皮奥皮奥塔希海洋保护区（Piopiotahi Marine Reserve）中部，那儿有一个海底观光台，供游人参观。
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