피오르드랜드에는 북쪽의 밀포드 사운드부터 남쪽의 프리저베이션 인렛까지 총 10개의 해양보호구가 있다.
피오르드랜드 바다가 다른 곳과 다른 이유는 비 많이 오기로 유명한 지형 때문인데, 바닷물이 언제나 민물에 덮여있다. 다채로운 생태계를 자랑하는 이 해양보호구에는 해면과 램프조개, 오래된 흑산호와 불가사리 등이 있다. 3억년정도 변하지 않은걸로 알려진 원시생물 뿐 아니라 동고래, 물개, 펭귄 등을 볼 수도 있다. 해저생물을 보기엔 스쿠버다이빙만한게 없지만, 그게 싫다면 밀포드 사운드에 있는 해저 전망관을 이용할 수도 있다.
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